Никоновская церковь расположена с южной стороны Троицкого собора, вплотную к нему.
Храм был воздвигнут в 1548 г. над гробом преподобного Никона Радонежского, ученика и преемника по игуменству основателя монастыря, преподобного Сергия Радонежского .
Нынешний вид храм приобрел после перестройки 1623 г.
Первоначальная роспись храма (1635) и первоначальный иконостас до нас не дошли.
В настоящее время храм украшают резной золоченый иконостас, и сень над гробницей преподобного Никона, выполненные в середине XX в. в стиле русской резьбы XVII века.
Установленная над гробницей икона «Преподобный Никон Радонежский с житием» – одно из лучших произведений замечательного иконописца, монахини Иулиании (Соколовой; 1899–1981).
Внутри церкви, в северо-западном ее углу, в раке, выполненной из дерева и украшенной тонкой резьбой, покоятся святые мощи преподобного Никона Радонежского.
В настоящее время богослужение в церкви совершается в день памяти преподобного Никона – 17/30 ноября.