Большое двухэтажное здание Царских Чертогов расположено на северной стороне монастыря.
Оно было построено в конце XVII в. в качестве царского дворца в главном монастыре Московского государства.
Нарядный декор из белого камня и полихромных изразцов, оформление фасада в обоих этажах парными окнами в пышных наличниках и, к сожалению, не сохранившиеся богато украшенные парадные всходы на южной стороне сделали это здание одним из лучших дворцовых сооружений московского барокко.
В западной части здания сохранилась великолепная лепная отделка, выполненная в 1745–1748 гг., с изображением «баталий» Петра I, аллегорических сюжетов и эмблем.
Сохранились две прекрасные кафельные печи середины XVII в. из расписных полихромных и синих изразцов.
С 1814 г. в Царских Чертогах располагается Московская Духовная академия.
Академический храм в честь Покрова Божией Матери, устроенный в восточной части здания Царских Чертогов в 1870 г., был значительно расширен в 1892 г.
Настенная роспись в храме осуществлена в древних традициях учениками Иконописной школы при МДА.